ریشهی پیشاهندواروپایی « *ḱolhmos» در اصل «نی، نیزار» معنی میداده است. به احتمال زیاد این واژه برای نخستین بار در زبانهای ایرانی معنای «قلم برای نوشتن» را به دست آورده، چون ایران خاستگاه نویسایی بوده است. بنابراین نظر مشهوری که میگوید «قلم» در پارسی از یونانی وامگیری شده نادرست مینماید. به کار گیرندگان زبانهای ایرانی از حدود ۱۶۵۰ پ.م و دوران هیتیها و میتانیها نویسا بودهاند و این بن را هم داشتهاند، و یونانیها هزار سال بعد نخستین نشانههای نویسایی را تجربه کردند و در دوران هخامنشی برای اولین بار این کلمه را در معنای «قلم» به کار گرفتند. شاهد دیگر در تایید این موضع آن است که در زبانهای اروپایی همچنان تا به امروز کلمههای مشتق از این بن بیشتر «گیاه نی» و «سازِ ساخته شده از نی» معنی میدهند و نه «قلم نوشتن»، در حالی که در زبانهای ایرانی معنای «گیاه نی» یا «ساز نی» برای این ریشه منسوخ شده و دلالت اصلی آن عبارت است از «قلم نی» و «ابزار نوشتن» و «بریدن و قطع کردن چیزی دراز و باریک» که این آخری از تراشیدن نوک قلم برخاسته است.
از این ریشه در زبانهای اروپایی این کلمات برخاستهاند: kalamos (کالامُوس: نی، سازِ نی، قلم) یونانی، culmus (نی، علوفه، یونجه) و calamus (نی، سازِ نی، قلم) و calamarium (قلمدان) و calamellus (نیِ کوچک، نوعی ساز) لاتین، halmr (نی، حصیر) نُردیک کهن، salem (کاه، نی) پروسی کهن، chalemie/chalemel (نی کوچک، نوعی ساز) فرانسوی کهن، healm (گیاه نی، ریشهی علف) انگلیسی کهن،
در زبانهای زندهی اروپایی از این ریشه چنین کلماتی زاده شدهاند: haulm (ریشه، نی) و culm (گیاه نی) و shawm (نوعی ساز بادی قرون وسطایی) انگلیسی، calumet (سازِ نی سنتی سرخپوستان) و chalumeau (پایینترین نت کلارینت) فرانسوی، соло́ма (سُولُوما: نی، حصیر) روسی، salms (نی، کاه) لیتوانیایی، culmo (نی، حصیر) ایتالیایی، cuelmo (گیاه نی) اسپانیایی، colmo (گیاه نی) پرتغالی. در ضمن از قرن سیزدهم به بعد آهنربا را در ایتالیایی calamita (کاه، علف) نامیدند، چون شکل استفاده از مغناطیس آن بود که بر کاهی بر سطح آب در جامی سوارش میکردند. این کلمه بعد از آن در معنای مغناطیس در سایر زبانهای اروپایی هم وامگیری شد: caramida (قرن پانزدهم) اسپانیایی، calamite (قرن شانزدهم) فرانسوی.
در زبانهای ایرانی عقیدهی مرسوم آن است که «قلم» از یونانی به عربی راه یافته و از آنجا به پارسی وارد شده است. برخی هم معتقدند این کلمه نخست از یونانی به زبان حبشی گئز رفته و ቀለም (کَلَم: نی) و ቀለመ (کَلَمَه: نوشتن، رنگ کردن) را نتیجه داده و از آنجا به عربی و بعد به پارسی وارد شده است. مسیری که با توجه به هندواروپایی بودن ریشهی این کلمه و دیرآیند بودن نویسایی در قلمرو فرهنگ یونانی، به نظرم نامحتمل میآید. در زبانهای باستانی ایرانی این واژگان را از این بن سراغ داریم: कलम (کالاما: نی، قلم) سانسکریت، קולמוס (کولْموس: قلم) و קלמר (کَلْمار: ابزار نوشتن) و wmlk (کالْمو: قلم پر) عبری، «کَلَمَه» (قلم) سکایی،
علاوه بر قدمت این ترکیبها، این نکته مهم است که «قلم» در پارسی بر اساس بابهای عربی صرف میشود، هرچند بخش مهمی از واژگان پدید آمده در این راه در عربی رواجی ندارند. مثلا «قلم» در پارسی دو ردهی متفاوت از دلالتهای مربوط به هم را در بر میگیرد که یکی «ابزار نوشتن»، «چیزِ نوشته شده»، «رده، طبقه» را نشان میدهد و کلماتی مثل «قلم کالا» و «اقلام» را نتیجه داده است. در مقابل معنی «ابزار نوشتن» که با نی پیوند خورده به «قطع کردن، تراشیدن سرِ قلم» پیوند خورده و مثلا «قلمه» و «قلم کردن» (شکستن استخوان) و «دور چیزی را قلم کشیدن» را نتیجه داده است. اما همهی این شاخهزاییها در زبان پارسی رخ نموده و مثلا در عربی «قلم» فقط معنی ابزار نوشتن را دارد و «أقلام» جمع آن است به معنی «قلمها». پس چنین مینماید که پارسی کانون شاخهزایی و تکامل این ریشه بوده باشد.
در پارسی این واژگان را از این بن سراغ داریم: «قلم» (ابزار نوشتن، رده و جنس، استخوان ساق پای چهارپا)، «قلمدان»، «میرزاقلمدون»، «قلمنی»، «قلم کردن» (قطع کردن)، «قلمه»، «اقلام»، «قلمرو»، «قلمروگیری»، «قلمروزدایی»، «قلمگیری»، «قلمتراش»، «سیاهقلم»، «قلمزنی»، «قلمکار»، «[آش] شلهقلمکار»، «قلمبهدست [ِمزدور]»،
در پارسی قدیم هم این کلمات را از این تبار داشتهایم: «کُلَش» (ساقهی جدا شده از غله بعد از عمل درو کردن)، «غَرو» (نی توخالی)،
در زبانهای ایرانی زنده هم این کلمات را از این تبار میشناسیم: «قَلَم» عربی و اردو، კალამი (کَلَمی) گرجی، «قهلهم» (قَلَم) اویغوری، «کالِم» ترکی، «قِلِم» زازا، калем (کَلِم) قرقیزی، ҡәләм (قَلَم) باشکیری. «قَلِم» (قلم) ترکی، «کولُش» (ساقهی جدا از غله) کردی، «کولوش» (ساقهی جدا از غله) گیلکی،
«قلم» با واسطهی پارسی و عربی در زبانهای دیگر هم انتشار یافته و همه جا «ابزار نوشتن» معنی میدهد: क़लम (کَلَم: قلم) هندی، ਕ਼ਲਮ (قَلَمی: قلم) پنجابی، «کالامو» (قلم) سواحیلی، «کَلَم» (قلم) آفاری، kalemi (کالِمی: قلم) یونانی نو، kalam (نهال) صربی-کروآتی، calem (اتاق کار، دفتر) و calemgiu (نویسنده) رومانیایی، kalem (قلم) بلغاری،
«قلم» و مشتقهای آن در شعر و ادب پارسی فراوان به کار گرفته شدهاند. فردوسی در وصف رخسار زال میگوید: «دو یاقوت خندان دو نرگس دژم ستون دو ابرو چو سیمین قلم»
و مولانا گفته: «رفتیم سوی شاه دین با جامههای کاغذین تو عاشق نقش آمدی همچون قلم در رنگ شو»
و امیرخسرو دهلوی گفته: « كشید و راند و برد و كوفت اندر ملك تو
سلح قاآن قلم هامان علم خاقان دهل سنجر»
و اسیر شهرستانی گفته: «همه عالم قلمرو فیض است در به رویت ز شش جهت باز است»