ریشهی پیشاآریایی «*penku» در اصل مشتقی است از بن «*pu» به معنای «ورم کردن، التهاب» که در زبانهای اروپایی رواج چندانی نیافته ولی در زبانهای ایرانی هم نام گیاه «فلفل» را در زبانهای هندی و ایرانی ایجاد کرده است. در زبانهای باستانی ایرانی اسم این گیاه چنین بوده است: पिप्पलि (پیپّالی) و «پیپّالا» (درخت انجیر بهشتی) سانسکریت، «پیپْهالی» پالی، «پذاپذه» سغدی، «پیپَلا» سکایی، «پَلْپَل» پهلوی، פִּלְפֵּל (پیلپِل) عبری، պղպեղ (پْلْپِل) و պղպիղ (پْلْپیل) ارمنی کهن،
در زبانهای زندهی ایرانی این کلمه را به این شکلها میبینیم: «فلفل» و «پلپل» و «بیوَر» (فلفل فرنگی) و «باباری» (فلفل سیاه) و «فلفل نمکی» و «فلفلی» پارسی، პილპილი (پیلْپیلی) گرجی، պղպեղ (پْلْپِل) ارمنی، «فلفل» و «فلافل» (نوعی خوراکی) عربی، «پَلْپَل» بلوچی، «پیپَل» اردو،
در زبانهای هندی «فلفل» به این شکلها درآمده است: पिंपळी (پیمْپَلی) مراثی کهن، पिंपळी (پیمْپْلی) مراثی، पीपल (پیپال) و पीपर (پیپار) هندی، পিপলি (پیپُولی) آسامی، পিপুল (پیپول) بنگالی، ಹಿಪ್ಪಲಿ (هیپَّلی) سینهالی، પીપર (پیپار) گجراتی، ਪਿੱਪਲੀ (پیپَّلی) پنجابی، திப்பிலி (تیپّیلی) تامیلی، തിപ്പലി (تیپّالی) مالایی، పిప్పలి (پیپَّلی) تِلوگو،
نام این گیاه در اغلب زبانهای دیگر نیز از همین بن گرفته شده است، مثل pepa در زبان هاوایی، «پیلیپیلی» سواحیلی، पिपला (پیپْلا) نپالی، 蓽拔 (پیتبوات) چینی میانه، 蓽拔 (بیبا) چینی، ヒハツ(هیهاتْسو) ژاپنی، 필발 (پیلْبال) کرهای، ดีปลี (دی-بْپیلی) تای، པི་པི་ལིང (پیپیلینگ) تبتی،
این واژه در زبانهای اروپایی باستانی از پارسی وامگیری شده است: peperi (پِپِری) یونانی، peper لاتین، piparr نُردیک کهن، Pfeffer آلمانی کهن، pipor انگلیسی کهن، peper انگلیسی میانه، pipru اسلاوی کهن کلیسایی، piobhar ایرلندی کهن، pimprenelle (نوعی گیاه دارویی) فرانسوی کهن
در زبانهای زندهی اروپایی «فلفل» به این صورتها ثبت شده است: pepper و peppermint (نعنای کوهی؛ ۱۶۹۰م.) انگلیسی، Pfeffer و hasenpfeffer (آبگوشت خرگوش) و Pfeffermünze (نعنای کوهی) آلمانی، pepe و peproni (غذای تند و فلفلدار؛ ۱۹۰۴م.، پیتزای فلفلی؛ ۱۹۷۰م.) ایتالیایی، perets روسی، pipiras لیتوانیایی، pipars لتونیایی، forfori اسپانیایی، poivre فرانسوی، pybyr ولش، papar صربی-کروآتی، paprika (۱۵۶۹م.، وامگیری در انگلیسی؛ ۱۸۳۹م.) مجاری،
از قرن شانزدهم میلادی اطلاق کلمهی فلفل به گیاهان جنس Capsicum شروع شده که بومی آمریکاست. چنین کاربردی به لحاظ علمی درست نیست و این گیاهان تبار و سیر تکاملی متفاوتی با فلفل داشتهاند و تنها مزهی تند و تا حدودی ظاهرشان شباهتی با هم دارد. در میان این واژگان اروپایی «پپرونی» و «پاپریکا» در پارسی نو وارد شدهاند.
واژهی «فلفل» در شعر و ادب پارسی به کار گرفته شده است، هرچند بسامد زیادی ندارد:
سعدی شیرازی: «گل آورد سعدی سوی بوستان به شوخی و فلفل به هندوستان»
خواجوی کرمانی: «فلفل فکنده است بر آتش به نام ما آن خال هندویی سیهمهرهباز باز»
ایرج میرزا: « پاک بر روزنهی دخل خراسان گل زد بر جراحات من از بینمکی فلفل زد»