ریشهی سامی «*خلل» احتمالا در اصل به معنای «سوراخ» بوده است، اما معنای آن به «نقص، حفره، تهیا» تعمیم یافته است. حدسم آن است که این ریشه همان است که با همین شکل در زبانهای باستانی سامی معنای «سرکه» را به دست میداده، شاید به خاطر آن که سوزاننده و اسیدی است، یا شاید چون در آوندهای بزرگی در سوراخی بر زمین سرکه میانداختهاند و اسم آن ظرف هم از همینجا آمده است. اگر این حدس درست باشد، خاستگاه اولیهی این ریشه شاید سومری باشد. چون در این زبان 𒂁𒄬 (خَل) به معنای «خمره، ظرف بزرگ مدفون در زمین برای ذخیرهی مایعات» را داشتهایم که در اکدی وامگیری شده است. بر این اساس این واژگان در زبانهای باستانی ایرانی از همین بن برخاستهاند: 𒂁𒄬 (خَلّو: سرکه) اکدی، חָלָא (خالا: سرکه، غبار) آرامی، ܚܠܐ (خَلّا: سرکه، ماسه) سریانی، חוֹל (خُل: غبار، شن) عبری،
معنای «دوستی، رفاقت، صمیمت» که در کلمهی «خلیل» دیده میشود احتمالا از تداخل این بن با «*خلو» و ارتباط با «خلوت» برخاسته باشد. «خلیل» و «خلیلالله» و «خلَت» در پارسی از این مجرا پدید آمدهاند.
از این ریشه در زبان پارسی چنین واژگانی را سراغ داریم: «خِلال»، «خَلال [دندان]» (چون بین دندانها را از ذرات غذا خالی میکند)، «اخلال»، «اخلالگر»، «تخلل»، «مخّل»، «اختلال»، «مختل»، «خلیل»، «خال» (چون تیره است و به سوراخ شباهت دارد)، «خالدار»، «خالکوبی»، «خالخالی»،
مشتقی از این بن به صورت «*خلخل» همان معنای اولیه را تشدید میکند و بر «برانگیختن، میدان دادن، لگام گسیختن» هم دلالت میکند. از اینجا چنین کلماتی برخاستهاند: «خلخال»، «متخلخل»، «تخلخل»،
در سایر زبانهای ایرانی از این بن چنین واژگانی را میشناسیم: «خَلْخَل» (برانگیختن، شل شدن، سوراخ سوراخ کردن) و «تَخَلْخَل» (توخالی بودن، پرحفره بودن) و «خَلْخال» و «خُلّ» (سرکه) و «خَلَّل» (ترشی) عربی، «خِرْخال» (خلخال) کردی، «خَلْخال» و «خال» و «خَلیل» (اسم مرد) و «ایخْتیلال» (اختلال) ترکی، қал (قال: خال) قزاقی، ихтилал (ایخْتِلال: اختلال) باشکیری، խալ (خال) ارمنی، ხალი (خالی: خال) گرجی،
برخی از این واژگان در زبانهای دیگر نیز وامگیری شده است: халхал/ халхала (خَلْخَل/ خَلْخَلَه: خلخال) صربی- کروآتی، carcax (خلخال) اسپانیایی، ኸልኸል (خالْخال: خلخال) و ከል (کالّ: سرکه) حبشی امهری، khella (ترشی) انگلیسی،
این واژگان در شعر و ادب پارسی با بسامدی اندک به کار گرفته شدهاند:
ابوسعید ابوالخیر: «خواهی چو خلیل خانه بنیاد کنی؟ وآن را به نماز و طاعت آباد کنی؟»
سنایی غزنوی: « علم تعطیل مشنوید از غیر سر توحید را خلل منهید»
صائب تبریزی: «پیری اگر كه گوهر دندان ز من گرفت شادم كه بینیاز مرا از خلال كرد»