به احتمال زیاد این واژه از ریشه‌ی آریایی «*تَپ» به معنای «کوبیدن، ضربه زدن» برخاسته و با «تباه» هم‌ریشه است. ریشه‌ی دیگرش که برایش محتمل است، «*dheub» پیشاهندواروپایی است به معنای «ژرف، توخالی». ریشه‌ی سومی برای آن می‌توان در نظر گرفت و آن «*dheuh» پیشاهندواروپایی است به معنای «دود، مه». برخی از فرهنگ‌ها آن را وام‌واژه‌ای چینی و برگرفته از 大风(دائی‌فونْگ) کانتونی و 大風 (دا‌فِنْگ) چینی ماندارین دانسته‌اند، که درست نمی‌نماید. یک دلیلش آن که این واژه در قالب وام‌واژه‌ی twfon (توفُون) در زبان یونانی کهن وجود داشته و در آن دوران مسیر وامگیری میان چینی و یونانی برقرار نبوده است. مشتقی از این ریشه به شکل «*تَد» هم انگار وجود داشته که چنین کلماتی را به دست داده است: «تالَه» (دست زدن، بشکن زدن) سانسکریت، «تالَه» (زنگ زدن) پالی. این ریشه در زبان‌های زنده‌ی ایرانی و هندی به چنین کلماتی منتهی شده است: «تال» (انگشتانه‌ی برنجی رقاصان) و «تَلاج» (غوغا) پارسی، «تال» (سیخ) بنگالی، «تادَه» (کوبه، ضربه) و «تال» (زنگوله) هندی،
«توفان» به احتمال زیاد در زبان پهلوی و پارتی هم وجود داشته است. چون در سریانی به صورت ܛܘܦܢܐ (تاوپانا) وارد شده است. این واژه را گاه از بن سامی فرضی «*طوپ» به معنای «توفان» دانسته‌اند که جعلی می‌نماید و آشکارا از روی همین کلمه درست شده است.
در زبان‌های ایرانی زنده این واژگان خویشاوند را از این تبار می‌شناسیم: «توفان» و «توفانی» و «توفان‌زده» و «توفنده» و «تلاتوف» (توفان) پارسی، «طوفان» عربی و اردو و ترکی، «تیفون» (توفان) خوانساری، «توفانو» سندی،թուֆան (توفان) ارمنی،ტაიფუნი (تایْپونی) گرجی، тӯфон (توفُون) پارسی تاجیکی، тайфун (تایْفون) قزاقی،
در زبان‌های هندی هم از اینجا چنین کلماتی را سراغ داریم: তুফান (توفان) بنگالی، तूफ़ान(توفان) هندی، ਤੁਫਾਨ (توپْهان) پنجابی،
این واژه به زبان‌های دیگر نیز وارد شده است: twfon (توفُن) یونانی، tufãoپرتغالی، typhoon انگلیسی، taifuuni فنلاندی، Taifun آلمانی و رومانیایی، тайфу́н (تایْفون) روسی، «توفانی» سواحیلی، «توفَن» برمه‌ای روهینگیا،
این واژگان در شعر و ادب پارسی فراوان به کار گرفته شده‌اند:
کسائی مروزی: « از آب دیده چو توفان نوح شد همه مرو جنازه‌ی تو بر آن آب همچو کشتی نوح»
وحشی بافقی: « توفان چه کند کشتی نوحش چه نماید آبی که زند موج ز دریای خم او »
بیدل دهلوی: « توفان غبار عدمیم آب بقا كو دریا به میان محو شد از جوش كرانها»
و: « زاین بحر كه توفانكدهی ما و من است خلقی گرم تلاش بر در زدن است»