دربارهی ریشهی «آیا» دو نظر وجود دارد. کُرن و اُوهل میگویند شکلی تحریف شده از «یا» است.از سوی دیگر یوسف سعادت در مقالهای میگوید «آیا» از دگردیسی «هاد» (بشود، باشد، خواهد بود) در زبان پهلوی مشتق شده است و در جریان گذار به پارسی دری به صورت «*هاذا» در آمده است. یعنی صورتی از دستوری شدن فعل امر است، از نظر دستوری همسان با «درنگر که...؟» و «باش که...؟» و به لحاظ معنایی موازی با «میشود که...؟»، «هست که...؟». حدس سعادت جالب توجه است و این که در پارسی قدیم «آذا» به جای «آیا» میآمده حدس او را تقویت میکند. با این حال سه نقد بر این نظر وارد است. نخست آن که «آیا/ آذا» در زبان پهلوی نیامده و مثالی ندارد، دوم آن که بن «*هاذ» در پهلوی هم کهن و دیرینه و نارایج بوده است و صورت نزدیک به آن یعنی «هاد» هم به معنای تایید جمله و تقریبا همتای «آری، پس...» بوده است، نه «آیا» (شک در فعل). سومین نکته آن که «آذا» هم بسیار نادر است و مرجع اصلیاش تفسیر سورآبادی است و دکتر خانلری به درستی اشاره کرده که احتمالا صورتی گویشی از همان آیا بوده است، و نه لزوما شکل تاریخی کهنترش.
این را هم باید در نظر داشت که هردو عنصر «آیا» یعنی حرف استفهامی «أ» در عربی و حرف ربط «یا» در پارسی در زمان ظهور این کلمه در متون کهن پارسی با همپوشانی بسیار رواج داشته است. یعنی با توجه به همسانی مفهومی «یا» و «آیا» بعید نیست الف اولش گرتهبرداریای از زبان عربی بوده باشد. به ویژه که در زبانزدهای عربی رایج در قرون اول هجری (همچنین در حدیث و آیات قرآن) این شکل از استفهامی کردن کلام باب بوده است.
گذشته از این در متون کهنی که برای نخستین بار این واژه پدیدار میشود، صورتهای متفاوتی از آن (اَی، یا، اَیا) رایج بوده و اغلب هم در جملاتی میآمده که ترجمهی آیهای از قرآن بوده که «أ» استفهامی داشته است. یعنی معقول است فرض کنیم که همان در پارسی هم وامگیری شده باشد. به ویژه که در متونی که سرهگرا بوده و به ادبیات پهلوی دلبستگی داشتهاند نشانی از این واژه نمیبینیم. به عنوان مثال در شاهنامهی فردوسی و «گرشاسپنامه»ی اسدی توسی «آیا» نیامده است. در حالی که اگر این بازماندهای از واژهای پهلوی بود انتظار میداشتیم در این متون بیشترین بسامد را داشته باشد.